Intolerância religiosa é um termo que descreve a atitude mental caracterizada pela falta de habilidade ou vontade em reconhecer e respeitar diferenças ou crenças religiosas de terceiros. Pode-se constituir uma intolerância ideológica ou política, sendo que ambas têm sido comuns através da história. A maioria dos grupos religiosos já passou por tal situação em algum momento. Esta intolerância floresce devido à ausência de liberdade de religião e pluralismo religioso.

Perseguição, neste contexto, pode referir-se a prisões ilegais, espancamentos, torturas, execuções injustificadas, negação de benefícios, direitos e liberdades civis. Também pode implicar em confisco de bens, destruição de propriedades ou incitação ao ódio, entre outras atitudes de grande barbaridade.

Um exemplo de intolerância religiosa na Antiguidade é a perseguição dos primeiros cristãos pelos judeus e pagãos.

Os judeus tornaram-se alvo de perseguição religiosa ainda antes do fim do Império Romano, mas essa perseguição recrudesceu durante a Idade Média. Conversões forçadas tornaram-se comuns, por exemplo, na Península Ibérica a partir de meados do século XIV.

A perseguição religiosa atingiu níveis sem precedentes no século XX, quando os nazistas perseguiram milhões de judeus e outras etnias indesejadas pelo regime. Esta perseguição em massa, usualmente conhecida como Holocausto, vitimou muitos milhares, não apenas pela sua raça, mas também em retaliação aos seus ideais religiosos e objeções de consciência.

Outro exemplo de perseguição religiosa na era contemporânea foi a da antiga União Soviética, que perseguiu diversos grupos religiosos, sendo um estado de jurisdição ateísta. A perseguição não precisa ser necessariamente estatal, como no caso da extinção de duas cidades cristãs no Levante pelo Al-jayš as-suri al-ħurr, que levou ao deslocamento forçado de oitenta mil pessoas.

Com o crescimento da diversidade religiosa no Brasil, verifica-se um aumento da intolerância religiosa, culminando na criação do Dia Nacional de Combate à Intolerância Religiosa (21 de janeiro) pela Lei nº 11.635 de 27 de dezembro de 2007, sancionada pelo ex-presidente Luis Inácio Lula da Silva. A data foi instituída em reconhecimento de um episódio de grande repercussão: a violência contra a yalorixá Gildásia dos Santos, Mãe Gilda, que faleceu em 2000 devido a complicações decorrentes da perseguição religiosa.

Vários países ao redor do mundo incluíram cláusulas em suas constituições proibindo expressamente a promoção ou prática de atos de intolerância religiosa. Exemplos incluem a Primeira Emenda da Constituição dos Estados Unidos, o Artigo 4 da Lei Básica da Alemanha e o Artigo 19, Inciso I, da Constituição do Brasil. No entanto, essas disposições constitucionais não garantem necessariamente que todos os elementos do estado permaneçam livres de intolerância religiosa em todo o tempo.

Outros países permitem o favorecimento religioso, mas ainda assim condenam a intolerância religiosa. Por exemplo, a Finlândia aprova a Igreja Luterana Evangélica da Finlândia e a Igreja Ortodoxa Finlandesa como religiões estatais, assegurando, no entanto, o direito à livre expressão religiosa no Artigo 11 da sua constituição.