Poucos anos depois, em 1832, o gênero Bifrenaria foi proposto por John Lindley, ao descrever sua espécie-tipo a Bifrenaria atropurpurea (Lodd.) Lindley,[28] anteriormente Maxillaria atropurpurea Lodd.[29] O nome do gênero vem de bi, dois, e freno, freio, em referência aos dois pares de polínias em caudículos separados que suas flores apresentam, cujo formato lembra rédeas utilizadas em montaria.[8]

Em 1837, Constantine Samuel Rafinesque, considerando a grande diferença vegetativa entre as poucas espécies de Bifrenaria então conhecidas, propôs o gênero Adipe, com base na B. racemosa que Hooker havia descrito anos antes, à qual juntou uma descrição de uma suposta nova espécie, que hoje se sabe ser a mesma, com o nome de Adipe fulva.[30] No ano seguinte Lindley recebeu um exemplar de B. longicornis vindo da Amazônia, o qual era morfologicamente ainda mais distante das espécies conhecidas, todavia descreveu-a como Bifrenaria, cinco anos mais tarde, aparentemente ignorando a descrição anterior de Rafinesque, mudou de ideia e propôs que se classificasse esta espécie em um novo gênero, Stenocoryne.[31] Enquanto seis espécies foram atribuídas nos anos seguintes por autores diversos ao gênero Stenocoryne de Lindley, o gênero proposto por Rafinesque permaneceu no esquecimento até 1990.[4]

Duas espécies muito similares a Bifrenaria, mas que apresentam labelo com uma garra bastante proeminente na base e lobos laterais abruptamente divididos, eram então classificadas neste gênero. Em 1914, Rudolf Schlechter, com base na Rudolfiella aurantiaca e nas citadas diferenças, propôs que passasem a ser classificadas sob o gênero Lindleyella, no entanto este nome já estava ocupado por plantas da família Rosaceae.[32] Somente trinta anos mais tarde, em 1944, o botânico Frederico Carlos Hoehne, ao fazer a primeira revisão do gênero Bifrenaria validou o gênero proposto por Schlechter. Hoehne propôs inicialmente o gênero Schlechterella para estas espécies, mas, coincidentemente, este também estava tomado, agora por plantas da família Asclepiadaceae.[33] Finalmente foi escolhido outro nome em homenagem a Schlechter, Rudolfiella, na ocasião com o número de espécies já aumentado para sete. Nesta revisão, além de Rudolfiella, Hoehne dividia Bifrenaria em dois gêneros, aceitando, portanto, o gênero Stenocoryne proposto por Lindley, mas chamando atenção para a existência do gênero Adipe de Rafinesque, que teria prioridade sobre o nome e também para dúvidas quanto à identidade de diversas espécies já descritas.[34] Em 1990, Manfred Wolff ressuscitou o gênero Adipe e para ele transferiu dez espécies de Bifrenaria, além das duas anteriormente descritas por Rafinesque, sem, no entanto, justificar seus critérios nem revisar as espécies.[35]

Aumentando a confusão sobre os gêneros aceitos em Bifrenaria, em 1994, Karheinz Senghas, baseando-se em diversas características compartilhadas somente pela B. tetragona e B. wittigii, descreveu o gênero Cydoniorchis para acomodar as duas espécies.[36] Em 1996, Gustavo Romero e Germán Carnevali transferiram para Bifrenaria uma espécie originalmente descrita por Schlechter como Maxillaria petiolaris, hoje classificada como Hylaeorchis petiolaris.[37] No mesmo ano, Vitorino Castro Neto publicou a revisão mais recente do gênero e suas cinco seções, que é a classificação hoje utilizada.[38]