A baleia-franca-austral passa os meses de Verão a sul, em zonas onde abunda o krill, junto à Antárctida. No Inverno, migram para norte, para se reproduzirem, podendo ser vistas junto às costas da Argentina, Austrália, Brasil, Uruguai, Chile, Moçambique, Nova Zelândia e África do Sul. Estima-se que a população esteja entre os sete mil e os oito mil exemplares. Desde que a pesca destes animais foi proibida, o seu número aumenta anualmente cerca de 7%.

Pensa-se que os grupos que vivem espalhados pelos territórios que ocupa esta baleia não se misturam entre si, ou que o fazem muito esporadicamente, devido à fidelidade que uma progenitora dá ao habitat onde dá à luz e onde cria os seus filhotes. Estudos demonstraram que estes instintos são passados às crias (pela progenitora).

No Brasil, foram catalogados mais de 300 indivíduos (por fotografias tiradas às calosidades da cabeça), através de um estudo levado a cabo pelo "Projecto Baleia-franca" brasileiro.

No estado de Santa Catarina, pode observar-se uma concentração considerável de exemplares que se deslocam ali, entre os meses de Julho a Novembro, para dar à luz e amamentar as suas novas crias. Alguns destes exemplares utilizam também as costas da Península Valdés, na Patagónia, para se reproduzirem.