En 1880, Louis Pasteur comenzó a realizar experimentos con pollos para estudiar los mecanismos de transmisión de la bacteria responsable del cólera aviar, la Pasteurella multocida. Junto con su ayudante, Charles Chamberland, Pasteur inoculaba la bacteria a los pollos y evaluaba el proceso de la enfermedad.

La historia cuenta que Pasteur planeaba tomarse unas vacaciones y encargó a Chamberland que inoculase a un grupo de pollos con un cultivo de la bacteria. Sin embargo, Chamberland olvidó realizar la inoculación y se fue de vacaciones. Cuando ambos regresaron al cabo de un mes, los pollos no estaban infectados y el cultivo de bacterias continuaba, pero había perdido virulencia. Chamberland inoculó a los pollos con el cultivo debilitado y, para sorpresa, los animales no murieron. Aunque desarrollaron síntomas leves de la enfermedad, sobrevivieron.

Chamberland, abochornado, estaba a punto de sacrificar a los pollos y comenzar de nuevo, cuando Pasteur lo detuvo. Pasteur había oído hablar de la técnica de la vacunación desde 1796 gracias a Edward Jenner, quien había demostrado que una versión debilitada de una enfermedad podía conferir inmunidad. Pasteur decidió exponer a los pollos una vez más al cólera aviar y, nuevamente, sobrevivieron al desarrollar una respuesta inmune. Llamó a esta técnica "vacunación" en honor a Jenner. La diferencia con la vacuna de Jenner era que Pasteur utilizaba patógenos artificialmente debilitados, en lugar de encontrar bacterias naturales para las vacunas.

Pasteur aplicó este descubrimiento en otras enfermedades causadas por agentes bacterianos. En 1881, demostró la eficacia de su vacuna contra el carbunco inoculando la mitad de un rebaño de ovejas, mientras que inyectaba la enfermedad (Bacillus anthracis) a la otra mitad. Las ovejas vacunadas sobrevivieron, mientras que las no vacunadas murieron.

En sus estudios contra la rabia, Pasteur utilizaba conejos infectados con la enfermedad y secaba su tejido nervioso para debilitar el agente patógeno, que hoy sabemos que es un virus. En 1885, un niño llamado Joseph Meister fue mordido por un perro rabioso cuando la vacuna de Pasteur solo se había probado en algunos perros. Sin ninguna otra opción y con el niño al borde de la muerte, Pasteur decidió inocularle la vacuna, a pesar de los riesgos legales ya que no era médico. El tratamiento tuvo un éxito rotundo: el niño se recuperó y nunca desarrolló la rabia. Pasteur fue nuevamente aclamado como héroe.